Nach dem Nationalmuseum und dem Náprstek Tschechischem Industriemuseum war es das dritte Museum in Prag. Für seine Gründung standen der Historiker Václav Vladivoj Tomek, Dr. Miroslav Tyrš und sein erster Direktor, der Archäologe und Historiker Břetislav Jelínek.
Die dem Museum geschenkten Sammlungen wurden zunächst in ein Gebäude eines ehemaligen Cafes bei Na Poříčí gebracht, als im Jahre 1883 das Prager Städtische Museum gegründet wurde. Bald reichten aber die provisorischen Räume für die wachsenden Sammlungen nicht mehr aus, und so wurde ein neues Neorenaissance-Gebäude nach einem Projekt von Antonín Balšánek erbaut.
Dieses wurde in den Jahren 1896 bis 1898 dem alten Cafe-Pavillion hinzu gebaut und wurde im Jahre 1900 eröffnet. Es handelte sich um ein für seinen Zweck würdevolles Gebäude. An der Fassade des Baus brachte Ladislav Šaloun ein Relief mit dem Thema der Huldigung von Geschichte, Wissenschaft, Kunst und Handwerk an. Die originale Šaloun-Plastik die Stadt Prag darstellend wurde im Jahre 1945 von einem deutschen Panzer zerschossen, daher finden wir heute dort nur eine Kopie. Diese konnte dank eines bei Šalouns Nachfahren gefundenen Modells angefertigt werden.
Eine weitere Ausschmückung des Gebäudes mit Plastiken erfolgte durch die Bildhauer František Stránský, Vojtěch Šaff und František Hergesel. Im Innenbereich über dem Treppenpodest kann ein Rundpanorama Prags von Antonio Sacchetti. Über ihm sind sieben Ansichten Prags von Karl Liebscher und Václav Jansa gemalt.
Im Museum kann man eine grosse Zahl vielfältiger Sammlungen und interessanter Gegenstände, künstlerisch oder historisch wertvoll, sehen. Alle haben eines gemeinsam – sie dokumentieren die historische und kulturelle Entwicklung in der Prager Region von der Urzeit bis in die heutige Zeit.
Sie finden hier archäologische Sammlungen, Gebrauchskunst, aber auch eine der grössten Kollektionen von Zunft-Denkmälern in Europa. Es gibt hier erhaltene Sammlungen gotischer und barocker Holzschnitzereien, aber auch eine Kollektion an Zeichnungen und Gemälden von Malern des 19. und 20. Jahrhunderts. An ihnen ist die Veränderung Prags am besten zu sehen. Im Museum sind auch die originale Kalenderplatte des Altstädter Astronomische Uhr von Josef Mánes oder wertvolle Veduten Prags von Vincenc Morstadt zu sehen.
Unter das Museum der Hauptstadt Prag fallen noch die Expositionen Podskalské Zollhaus Na Výtoni, das Schlossareal Ctěnice, Petřín-Aussichtsturm, Altstädter Brückenturm, Kleinseitner Brückentürme und weitere.
Interessantes:
Sehr berühmt ist das sogenannte Langweil-Modell Prags aus den Jahren 1826 bis 1834, ein Werk des Malers Antonín Langweil. Es ist nicht nur wegen seines künstlerischen Wertes einmalig, aber auch dadurch, wie präzise es das zeitgenössische Prag dokumentiert. Auf einer Fläche von 20 m2 werden über 2000 Häusermodelle, bis in alle Details abgebildet, gezeigt. Sie haben auch die gleiche Farbgebung, plastischen Vertiefungen, Fassadenschmuck, Beschriftungen und Anzahl der Fenster, Türen, Statuen und andere Details.
Für die Anfertigung des Modells wurden Hartkarton, Holz und andere Materialien verwendet. Ungefähr die Hälfte der Gebäude wurde später in Prag abgerissen oder komplett umgebaut.