Die St.-Peter-und –Paul-Kirche ist die deutliche Dominante des Wyschehrad. Ihr Entstehen hängt mit der Regierungszeit von Fürst Vratislav II. zusammen, der sich als seinen Sitz nicht die Prager Burg, sondern Vyšehrad als Gegenpol auswählte.
Die Kapitel- und Pfarrkirche, inspiriert von der gleichnamigen Kirche in Rom, liess er in der 2. Hälfte des 11. Jahrhunderts erbauen. Das Vyšehrader Kapitel unterstand aber nicht dem Prager Erzbischof, sondern direkt dem Papst und ihre Unabhängigkeit hielt bis zum Jahre 1763 an.
Die Kirche wurde während der neun Jahrhunderte ihrer Existenz mehrmals umgebaut, wobei der letzte Umbau im Jahre 1903 ihr das heutige Aussehen gab.
Anfangs stand hier eine romanische Basilika, die später ein dreischiffiger Hochgotikbau unter Karl IV. ersetzte, und wurde ähnlich wie die Rotunde St.-Martin wahrscheinlich nicht von den Hussiten zerstört. Es fehlt auch ein barocker Umbau im 18. Jahrhundert und ein neogotischer Umbau, den der Architekt Josef Mocker im Jahre 1885 durchführte, nicht.
Anfangs des 20. Jahrhunderts wurden auch die beiden dominanten pseudogotischen Türme in der Fassade gebaut und im Rahmen des Purismus das barocke Glockenhaus entfernt. Auch das Tympanon, bzw. dessen Relief mit dem Motiv des Letzten Gerichts, ist neogotisch.
Die künstlerische Ausschmückung im Innenbereich wird von Ornamentmustern und figuralen Jugendstilmalereien vertreten. Auch ein Teil der originallen Barockmalerei ist noch vorhanden. Die schöne Fenstervitrage erschuf František Sequens und der polychromierte Hauptaltar wurde auf Grundlage eines Entwurfes des Architekten Josef Mocker erschaffen.
Er bildet die beiden Patrone der Kirche, den Heiligen Petrus und den Heiligen Paul ab, und weiter die Heiligen Kyrill und Method. Eine wertvolle Jugendstil-Schnitzerei stellt der Altar der böhmischen Patrone in der zweiten Kapelle auf der linken Seite dar. Hier finden wir auch einen romanischen Steinsarg aus dem 12. Jahrhundert, der dem Heiligen Longinus zugeschrieben wird, der aber eher jemandem aus der Herrscherfamilie gehört.
In der urspünglichen romanischen Krypta wurde als Erster im Jahre 1092 der Gründer der Kirche Vratislav II. begraben, und nach ihm weitere Familienmitglieder. Bei einer Untersuchung wurde aber die Königsgrabkammer mit den Gebeinen der Herrscher nicht gefunden. An der Fassade der Kirche können wir eine Gedenktafel sehen, die an das Jahr 845 erinnert, als in Regensburg 14 böhmische Fürsten getauft wurden.
Während der Zeit von Papst Johannes Paul II. wurde die Vyšehrader Kapitelkirche zur päpstlichen "Basilika minor" ernannt, ähnlich wie z.B. die Basilika St.-Margareta in Břevnov. Die Kirche hat auch ein Glockenspiel bestehend aus 17 kleineren und 4 grossen Glocken. Im Repertoire hat es 50 Lieder.
Interessantes:
Das wertvollste Tafelgemälde in der Kirche stellt das Gemälde Jungfrau Maria Regen. Wir finden es in der dritten Kapelle auf der rechten Seite und es stammt direkt aus der Sammlung Karl IV. und Rudolf II.
Es ist eine wertvolle Arbeit böhmischer gotischer Malerei aus der Mitte des 14. Jahrhunderts. Der Erzählung nach malte der Hl. Lukas persönlich das Bild, und das Bild wurde wahrscheinlich während Trockenzeiten verehrt, als die Leute vor ihm um Regen beteten.