Es liess sie der Fürst Bořivoj Ende des 9. Jahrhunderts erbauen, wahrscheinlich bald nachdem er von Levý Hradec nach Prag übersiedelt war.
Seine Bedeutung behielt die kleine Kirche bis zum Bau der St.-Georgs-Basilika und dem Bau der St.-Veits-Kirche. Im Jahre 915 wurde in ihr der Fürst Spytihněv I. begraben, und bald danach auch seine Ehefrau.
Noch im 11. Jahrhundert wurde sie bedeutend umgebaut und die heutigen Ruinen der Kirche stammen eben aus diesem Umbau. Das Bauwerk mass damals 7,5 m auf 6 m und hatte eine erhöhte Apsis, wo sich der Altar befand. Die Kirche der Jungfrau Maria verfiel spätestens im 19. Jahrhundert.
Die Reste der Kirche wurden erst bei einer archäologischen Untersuchung in den 50er Jahren des 20. Jahrhunderts entdeckt. An der Stelle wurde der Grossteil des nördlichen Mauerwerks gefunden, die Reste von zwei ähnlichen Altaren, beide Gräber, der Sockel eines Triumpfbogens und die Reste von Verzierungsmustern.
Interessantes:
Die Kirche der Jungfrau Maria auf der Prager Burg ist die älteste Prager Kirche und auch das erste gemauerte Bauwerk auf dem Burgareal.
