Po Národním muzeu a Náprstkově Českém průmyslovém muzeu bylo třetí v Praze. U jeho založení stál historik Václav Vladivoj Tomek, dr. Miroslav Tyrš a jeho první ředitel, archeolog a historik, Břetislav Jelínek.
Sbírky darované muzeu byly nejprve umístěny do budovy bývalé kavárny v sadech Na Poříčí, čímž bylo roku 1883 založeno Městské muzeum pražské. Brzy však provizorní prostory nestačily pro rozrůstající se sbírky, a tak byla postavena nová novorenesanční budova podle projektu Antonína Balšánka.
Ta byla mezi lety 1896 až 1898 přistavěna ke starému kavárenskému pavilonu a roku 1900 byla otevřena. Jednalo se o stavbu důstojnou svému účelu. Na průčelí stavby umístil Ladislav Šaloun reliéf s tématem oslavy historie, vědy, umění a řemesel. Původní Šalounova socha zpodobňující město Prahu byla roku 1945 sestřelena německým tankem, takže zde dnes najdeme jen její kopii. Tu bylo možné vytvořit díky nalezenému modelu v Šalounově pozůstalosti.
Další plastickou výzdobu budovy provedli sochaři František Stránský, Vojtěch Šaff a František Hergesel. V interiéru nad podestou schodiště je možné si prohlédnout kruhové panoráma Prahy od Antonia Sacchettiho. Nad ním je vymalováno sedm pohledů na Prahu od Karla Liebschera a Václava Jansy.
V muzeu je k vidění velké množství rozmanitých sbírek a zajímavých předmětů, umělecké nebo historické ceny. Všechny mají jedno společné – dokumentují historický a kulturní vývoj na území Prahy od pravěku do dnešní doby.
Najdete zde archeologické sbírky, užité umění, ale také jednu z největších kolekcí cechovních památek v Evropě. Jsou zde uchovány sbírky gotických a barokních dřevořezeb, ale i kolekce kreseb a obrazů malířů 19. a 20. století. Na nich jsou nejlépe vidět proměny Prahy. V muzeu je umístěn i originál kalendářní desky Staroměstského orloje od Josefa Mánesa nebo vzácné veduty Prahy Vincence Morstadta.
Pod Muzeum hl. m. Prahy spadají ještě expozice Podskalské celnice Na Výtoni, zámeckého areálu Ctěnice, Petřínské rozhledny, Staroměstské mostecké věže, Malostranské mostecké věže a dalších.
Zajímavost:
Velmi slavný je tzv. Langweilův model Prahy z let 1826 až 1834, dílo malíře Antonína Langweila. Je jedinečný nejen svou uměleckou hodnotou, ale i tím, jak precizně dokumentuje soudobou Prahu. Na ploše 20 m2 je zobrazeno přes 2000 modelů domů, vyobrazených do všech podrobností. Mají i stejnou barevnost, plasticky vymodelovaná podloubí, zdobení fasád, sgrafita i přesný počet oken, dveří, soch a dalších detailů.
Pro výrobu modelu byl použit tvrdý karton, dřevo a jiné materiály. Asi polovina budov na modelu byla později v Praze zbořena nebo zcela přestavěna.
