Kostel sv. Petra a Pavla je výraznou dominantou Vyšehradu. Jeho vznik souvisí s dobou vlády knížete Vratislava II., který si za své sídlo nevybral Pražský hrad, ale Vyšehrad jako protipól. Kapitulní a farní kostel, inspirovaný stejnojmenným chrámem v Římě, nechal postavit ve 2. polovině 11. století. Vyšehradská kapitula pak nebyla podřízena pražskému biskupovi, ale přímo papeži a její nezávislost trvala až do roku 1763.
Kostel prošel za 9. staletí své existence několika přestavbami, přičemž ta poslední roku 1903 mu dala dnešní podobu.
Na počátku zde stála románská bazilika, kterou později nahradila vrcholně gotická trojlodní stavba za Karla IV. Karlova stavba, podobně jako rotunda sv. Martina, nebyla pravděpodobně poničena husity.
Nechyběla ani barokní přestavba v 18. století a neogotická přestavba, kterou zahájil roku 1885 architekt Josef Mocker. Počátkem 20. století byly postaveny i obě dominantní pseudogotické věže v průčelní a v rámci purismu odstraněna barokní zvonice. Také tympanon, resp. jeho reliéf s námětem Posledního soudu, je neogotický.
Umělecká výzdoba v interiéru je zastoupena ornamentálními vzory a figurální secesní nástěnnou malbou. Je zde také část původní barokní malby. Krásné vitráže v oknech vytvořil František Sequens a polychromovaný hlavní oltář byl vyřezaný na základě předlohy architekta Josefa Mockera.
Zpodobňuje oba patrony chrámu sv. Petra a Pavla a dále sv. Cyrila a Metoděje. Cennou secesní řezbářskou práci představuje oltář českých patronů v druhé kapli vlevo. Najdeme zde i románskou kamennou rakev ze 12. století, která se připisuje sv. Longinu, ale patřila nejspíš někomu z vládnoucího rodu.
V původní románské kryptě byl jako první roku 1092 pohřben zakladatel kostela Vratislav II. a po něm i další členové rodiny. Při průzkumech ale královská hrobka s ostatky panovníků nalezena nebyla. Na průčelí chrámu si můžeme povšimnout pamětní desky, připomínající na rok 845, kdy v Řezně bylo pokřtěno 14 českých knížat.
Zásluhou papeže Jana Pavla II. byl vyšehradský kapitulní chrám titulován papežskou "bazilikou minor", podobně jako například bazilika sv. Markéty na Břevnově. Kostel má také svou zvonkohru složenou ze 17 zvonků a 4 velkých zvonů. V repertoáru je pak 50 písní.
Zajímavost:
Nejvzácnější deskový obraz v kostele představuje obraz Panny Marie Dešťové. Najdeme ho ve třetí kapli vpravo a pochází ze sbírek samotného Karla IV. a Rudolfa II. Je to cenná práce české gotické malby z poloviny 14. století. Podle pověsti obraz maloval osobně sv. Lukáš a obraz byl uctíván zejména v obdobích sucha, kdy se lidé před ním modlili za déšť.
