Der dreischiffige Bau erhielt sein gotisches Aussehen im 14. Jahrhundert und nahm in sich das Pastorat, eine Schule, einen Friedhof und ein Beinhaus auf. In der Zeit der Hussitenkriege gehörte die Kirche zur hussitischen Seite und es predigten in ihr auch bekannte hussitische Prediger.
Die katholische Kirche übernahm nach der Schlacht am Weissen Berg die Kirche und siedelte dort Mönche aus Emmaus an. Danach unterzog man sie zunächst einem Renaissance- und dann einem Barock-Umbau. Die barocke Erneuerung nahm Kilian Ignaz Dientzenhofer, ein Star unter den damaligen barocken Baumeistern, in seine Hände. Angesichts der umfangreichen Zerstörung der Kirche durch einen Brand schlug er vor, diese komplett abzureissen und neu aufzubauen.
So also entstand in den 30. Jahren des 18. Jahrhunderts der heutige monumentale Bau, den der Benediktinerabt Anselm Vlach finanzierte. An der Ausschmückung der Kirche beteiligten sich bekannte Künstler, unter anderen auch Anton Braun, Neffe des berühmten Matthias Bernhard Braun, der dessen Werkstatt übernahm.
Nach ihrer Einweihung diente sie aber ihrem Zweck nicht lange. Zunächst wurde das Kloster aufgelöst, danach wurden die Kirche und der Konvent verkauft. Die Stadt kaufte zwar alles zurück, aber die Kirche diente dann als Lager für Getreide und andere Dinge. Nach dem Jahre 1868 wirkte hier zeitweise Zdeněk Fibich als Chormeister. Vom Jahre 1920 bis heute gehört die Kirche der Tschechoslowakischen Hussitischen Kirche, die hier auch feierlich ausgerufen worden war.
Unter künstlerischem Aspekt gehört die Kirche zu den typischen barocken Bauten mit reicher Verzierung mit Plastiken, Fresken und Bildern. Auf der Fassade finden wir zum Beispiel die Statuen der tschechischen Heiligen, aber auch eine Allegorie des Alten und Neuen Testaments und andere. In Richtung Pariser Strasse steht die neubarocke Statue des Hl. Nikolaus.
Das reiche und gegliederte Interieur wird als eines der Spitzenwerke von Kilian Ignaz Dientzenhofer betrachtet. Der Grundriss der Kirche besteht in der Form eines griechischen Kreuzes, zwischen dessen Querstreben sich ovale Räume befinden. Der zentrale achteckige Raum wird von einer Kuppel abgeschlossen, die mit Plastiken Benediktiner-Heiliger ausgeschmückt ist.
Das Hauptaltarbild ist nicht mehr original, sondern stammt aus dem Jahre 1917 und wurde von Karel Špillar gemalen. Die Deckenleuchter stammen von aus Glashütte Harrachov und sind mit Kristall verziert. In den Jahren 1967 – 1977 durchlief die Kirche die letzte Renovierung. Heute dient sie nicht nur der Tschechoslowakischen Hussitischen Kirche, sondern es finden hier auch Konzerte klassischer Musik statt.
Interessantes:
Die barocke Laterne trug eine Glocke, die aber während des 1. Weltkriegs heruntergeholt und für Kriegszwecke umgegossen wurde. An ihrer Stelle blieb nur ihr 1,5 m langer Klöppel, der dort bis heute hängt.