Den Bau der einschiffigen Kirche mit Seitenkapellen begann der Architekt Carlo Lurago im Jahre 1665. Ab dem Jahre 1671 führte den Bau Martin Reiner 7 Jahre lang weiter. Die Kirche beendete Paul Ignatz Bayer mit dem Bau der Westfassade und dem Turm. Über dem Kirchengiebel ist eine Statue des Hl. Ignatius angebracht, welche ein Heiligenschein, eine sogenannter Mandorla, umgibt. Weitere barocke Statuen befinden sich auf der Balustrade und sie sind das Werk von Mathias Wenzel Jäckel.
Das reichhaltig ausgeschmückte barocke Interieur wird durch einen monumentalen Triumpfbogen aufgeteilt,der die Kirche in Schiff und Priesterbereich aufteilt. Die Stuckverzierungen des Interieurs stammen wahrscheinlich von Tomasso Soldati. Auf dem Hauptaltar ist selbstverständlich der Hauptpatrin der Kirche, der Heilige Ignatius, abgebildet wie er zu himmlischen Ruhm aufsteigt. Das Bild ist ein Werk von J. J. Heintsche.
Die Jesuiten hatten die Kirche bis zu ihrer Auflösung im Jahre 1773 im Besitz. Nach der Erneuerung des Ordens wurde sie ihnen zurückgegeben. Auch nach dem Jahre 1990 erhielt die Gesellschaft Jesu die Kirche zurück.
St.-Ignatius von Loyola ist der Patron des Jesuitenordens, deren Gründer er war, und der Patron der Soldaten, da er selbst Soldat war.
Die Kirche und auch das ehemalige Kolleg befinden sich heute in Staatsbesitz und die Gesellschaft Jesu hat die Kirche zur Nutzung. Der Kirchenbau ist steht als Kulturdenkmal unter Denkmalschutz.
Interessantes:
Im Jahre 1866 wurde die St.-Ignatius-Kirche am Karlsplatz als einzige in Prag dem Jesuitenorden zurückgegeben und restauriert.
