Die Grosspriormühle finden wir auf der Kleinseite auf dem Grosspriorplatz. Die Mühle steht am Čertovka genannten Seitenarm der Moldau und früher befand sich hier ein Kloster der Malteser Ritter. Diese siedelten hier im Kloster und bei der Kirche St.-Maria unter der Kette. Kloster und Kirche einschliesslich Wirtschaftsbereiche wurden während der Hussitenkriege zerstört.
Im 16. Jahrhundert gehörte die Mühle dem Müller Štěpánov mit Ehefrau Kateřina und nach ihm wurde sie auch zeitweise Štěpánov-Mühle genannt. Im 16. Jahrhundert wurde sie im Renaissancestil umgebaut, als sie sich im Eigentum der Kleinseitner Gemeinde befand. Später wurde sie im Barockstil umgebaut, v.a. im nördlichen Teil.
Die Mühle fiel unter das sogenannte Seitengesetz der Kirche St.-Marie unter der Kette, was bestimmte Verpflichtungen des Müllers gegenüber der Kirche bedeutete. Dieses Recht wurde im 18. Jahrhundert von Josef II. gelöscht.
Die Mühle widerstand während der Jahrhunderte nicht nur Überschwemmungen, sondern auch Bränden, wobei der Brand im Jahre 1938 sie am meisten beschädigte. Von ihrem damaligen Besitzer wurde die Mühle danach repariert und in ihr eine Federnreinigung eröffnet, die teilweise mit dem Mühlrad betrieben wurde. Später würde die Mühle komplett ausser Betrieb genommen und in den anliegenden Gebäuden wurden Wohnungen eingerichtet.
Interessantes:
Bis heute finden wir hier das Mühlrad, welches – obwohl es schon lange keinen Mühlstein mehr dreht – sich hier dreht. Selbstverständlich handelt es sich um eine von mehreren Repliken, dennoch gibt ihr Klappern dem Ort und der Čertovka überhaupt erst seinen unverwechselbaren Zauber. Aufgrund des Drehens kommt es zum gleichmässigen Eintauchen der Schaufeln, dank dessen es nicht zu deren Verfaulen kommt.