Deshalb erwarb der Staat für die Karls-Universität das Gelände im Bereich des heutigen Botanischen Gartens, das damals schon ein Gewächshaus beinhaltete. Ähnlich wie die Universität war auch der Botanische Garten in einen tschechischen und einen deutschen Teil aufgeteilt, und wurde gemeinsam im Jahre 1898 eröffnet. Der schrittweise Ausbau der Gärten, in denen neue Expositionen heranwuchsen, Arboretum, Gewächshäuser und eine Teich-Anlage, wurde durch den 2. Weltkrieg unterbrochen. Durch Bombardierungen entstanden grosse Schäden.
Nach dem Krieg wurden die beiden Hälften zu einem einzigen Botanischen Garten der Karls-Universität verbunden. Am angrenzenden Abhang auf einer Fläche von 1800 m2 bewachsen mit einem grossen Alpinum, wurde ein neues Gewächshaus gebaut. In den 90er Jahren des 20. Jahrhunderts kam es zur schrittweisen Revitalisierung und Rekonstruktion des Gartens und des Gewächshaus-Komplexes.
Das älteste dendrologische Inventar stammt noch aus der Zeit der Gesellschafts-Gärten, die meisten anderen Pflanzen stammen aus dem Ende des 19. Jahrhunderts oder aus jüngerer Zeit.
Interessantes:
Der Garten nimmt eine Fläche von 3,5 ha ein, die verglaste Fläche beträgt 1700 m2. Sämtliche Belüftungs-, Beheizungs- usw.– Funktionen sind Computer-gesteuert. Der Garten dient der Lehre der Studenten als auch der Öffentlichkeit.
