Die ursprüngliche Bethlehems-Kapelle wurde im Jahre 1391 von Hanuš von Mühlheim, einem reichen Stadtbewohner, und dem Kaufmann Václavem Kříž, gegründet. Es war auch Václav Kříž, der der Kapelle das Grundstück sowie Geld und Reliquien, die angeblichen Überreste eines der ermordeten Betlehemer Kleinkinder, spendete.
Die Kapelle wurde für Predigten in tschechischer Sprache gegründet. Ihre Bezeichnung erhielt die Kapelle nach den heiligen Jünglingen, die in Bethlehem am Tag der Säuglings-Morde ermordet wurden.
Die Kapazität der Kapelle betrug 3000 Personen, und zur grössten Berühmtheit kam sie wahrscheinlich in der Zeit der Predikten des Meisters Jan Hus in den Jahren 1402 bis 1413. Es besuchten sie nicht nur die Vertreter des Adels, sondern auch einfache Stadtbürger und sogar auch die Königin Sofie besuchte die Kapelle. Es entstand hier auch im Endeffekt die kirchliche Reformbewegung, die sich später zu den Husiten-Kriegen auswuchs. Während der Kriege war die Kapelle das Zentrum der Husitischen Kirche.
Später war sie im Besitz der Brüderlichen Einheit, und nach der Schlacht am Weissen Berg wurde sie von der römischen Kirche konfisziert. Im Jahre 1661 kauften die Jesuiten die Bethlehems-Kapelle, und wandelten sie in eine katholische Kirche um. Leider führte die Auslösung der Jesuiten-Orden während des Josefinischen Reformen auch zur Auflösung der Kirche und ihrem Abriss.
Die Bethlehems-Kapelle wurde auch zur Grabstätte beühmter Namen, wie deren Gründer Hanuš von Mühlheim, dem Prediger Jakoub aus Stříbro oder dem Drucker und Verleger Jiří Melantrich.
Die Kapelle gehört heute der tschechischen technischen Hochschule.
Interessantes:
Die heutige Bethlehems-Kapelle ist nur eine Kopie des ursprünglichen mittelalterlichen Baus. Der Neubau der Kapelle wurde im Jahre 1954 beendet. Zu einem nationalen Kulturdenkmal wurde es im Jahre 1962 erklärt.