Velkopřevorský mlýn najdeme na Malé Straně na Velkopřevorském náměstí. Mlýn stojí na vltavské strouze zvané Čertovka a dříve náležel klášteru maltézských rytířů. Ti sídlili v klášteře a při kostele Panny Marie pod řetězem. Klášter a kostel byly včetně hospodářských zařízení zničeny během husitských válek.
V 16. století patřil mlýn mlynáři Štěpánovi s manželkou Kateřinou a podle něj se také určitý čas nazýval Štěpánovský. V 16. století byl renesančně přestavěn, to když byl v majetku malostranské obce. Později byl barokně upraven, zejména v severní části.
Mlýn patřil pod tzv. postranní právo kostela Panny Marie pod řetězem, což znamenalo jisté povinnosti mlynáře ke kostelu. Toto právo bylo zrušeno v 18. století Josefem II.
Mlýn po staletí odolával nejen povodním, ale i požárům, přičemž nejhůře ho poškodil požár roku 1938. Jeho tehdejším majitelem byl mlýn následně opraven a byla v něm otevřena čistírna peří poháněná částečně mlýnským kolem. Později byl mlýn úplně vyřazen z provozu a v přilehlé budově byly zřízeny byty.
Zajímavost:
Dodnes zde najdeme mlýnské kolo, které, ačkoli mlýnský kámen již dávno nepohání, se otáčí. Samozřejmě se jedná o několikátou repliku, nicméně jeho klapot dodává místu a Čertovce vůbec nezaměnitelné kouzlo. Díky otáčení dochází k rovnoměrnému namáčení lopatek, díky čemuž nemůže dojít k jejich rozeschnutí.