Jedná se o gotickou stavbu s pozdně gotickou předsíní postavenou z lomového zdiva. To bylo odhaleno sejmutím renesanční omítky. V 17. století získala původní gotická stavba dvě boční kaple a po straně přibyla věž s cibulovou střechou. Dnešní podoba je výsledkem regotizujících úprav a rekonstrukcí koncem 19. a začátkem 20. století.
Kostel je rozdělen na tři lodě a uvnitř je sklenut žebrovou klenbou podepřenou barokními pilíři. Na hlavním oltáři najdeme vyobrazení patronů kostela sv. Jindřicha a sv. Kunhuty, manželského páru. Autorem obrazu je J. J. Heintsch. Sv. Jindřich je zobrazen, jak klečí a oroduje za osud Prahy při obléhání Švédy během třicetileté války. Sv. Kunhuta je na obraze připravena překročit rozpálenou radlici, aby dokázala svou nevinnost při podezření z nevěry.
Dalšími autory výzdoby kostela byli Karel Škréta, Václav Vavřinec Reiner jako malíři nebo J. J. Bendl a Richard Prachner jako sochaři. Vitrážová okna jsou dílem Františka Sequense. Před kostelem je umístěna socha sv. Jana Nepomuckého a sv. Judy Tadeáše.
Kostel dnes využívá a spravuje římskokatolická církev.
Zajímavost:
V podlaze interiéru kostela a na vnější fasádě najdeme náhrobní kameny, které dokládají existenci hřbitova v okolí kostela. Dokonce se jedná o nejrozsáhlejší soubor náhrobních památek na celém Novém Městě. Na jeho místě byl vybudován malý parčík.
