Stavbu jednolodního kostela s bočními kaplemi započal roku 1665 architekt Carlo Lurago. Od roku 1671 ve stavbě pokračoval dalších 7 let Martin Reiner. Kostel dokončil dostavbou západního průčelí a věže Pavel Ignác Bayer. Nad štítem kostela je umístěna socha sv. Ignáce, kterou obklopuje svatozář, tzv. mandorla. Další barokní sochy se nacházejí na balustrádě a jsou dílem Matouše Václava Jäckla.
Bohatě zdobený barokní interiér je předělen monumentálním vítězným obloukem, který rozděluje kostel na loď a kněžiště. Štukovou výzdobu interiéru vytvořil nejspíš Tomasso Soldati. Na hlavním oltáři je samozřejmě vyobrazen hlavní patron kostela sv. Ignác, jak vstupuje do slávy nebeské. Obraz je dílem J. J. Heintsche.
Kostel vlastnili jezuité až do jejich zrušení v roce 1773. Byl jim navrácen po obnovení řádu. Rovněž po roce 1990 získalo Tovaryšstvo Ježíšovo kostel zpět.
Sv. Ignác z Loyoly je patron řádu jezuitů, jehož byl zakladatelem, a patron vojáků, protože sám byl voják.
Kostel i bývalá kolej je dnes v majetku státu a kostel má v užívání řád Tovaryšstva Ježíšova. Stavba kostela je památkově chráněna jako kulturní památka.
Zajímavost:
Roku 1866 byl kostel sv. Ignáce na Karlově náměstí jako jediný v Praze navrácen zpět jezuitům a opraven.
